هم‌زمان با تلاش روس‌ها برای وارد آوردن فشار بیشتر بر دولت ایران جهت کسب امتیازهایی چون امتیاز نفت شمال یک جنبش جدایی‌طلب در آذربایجان شکل گرفت. در ١٢ شهریور 1324 / سپتامبر 1945 مرامنامه حزب جدیدالتأسیس فرقه دمکرات آذربایجان که تحت رهبری پیشه‌وری قرار داشت، منتشر شد. دو روز بعد، شاخه حزب توده در آذربایجان اعلام انحلال کرد و به فرقه دمکرات پیوست.
روزنامه آذربایجان به عنوان ارگان رسمی فرقه دمکرات به زبان ترکی منتشر شد. خواسته‌های سیاسی فرقه دمکرات آذربایجان در اولین کنگره در مهر 1324 تدوین و تصویب شد. خودمختاری برای آذربایجان، دموکراسی برای ایران، آموزش به زبان ترکی در مدارس و کاربرد آن در مراکز دولتی، انتصاب مقامات آذری برای تصدی امور داخلی و تشکیل یک نیروی نظامی آذری از جمله خواسته‌های عمده فرقه دمکرات بود. در دی ماه 1324 مجمع ملی تشکیل شد و اعضا پیشه‌وری را به عنوان نخست‌وزیر جمهوری خودمختار آذربایجان انتخاب کردند. بلافاصله ارتش جدید تشکیل و سازماندهی شد. ارتش جدید شهرهای آذربایجان نظیر میانه و اردبیل را اشغال کرد. در اردبیل، قوای شوروی آشکارا از ارتش فرقه دمکرات حمایت نمود. بدون پشتیبانی نیروهای شوروی، ارتش فرقه دمکرات نمی‌توانست در برابر شاهسون‌ها، که مدافعان شهر بودند، مقاومت کند.
با آن‌که فرقه دمکرات اعلام کرده بود هدفش کسب خودمختاری است نه جدایی از ایران، اما تهران به این حرکت مشکوک بود و به همین دلیل ضمن اعلام غیرقانونی بودن آن، نیروهای ارتش را برای اعاده نظم و اقتدار دولت مرکزی روانه آذربایجان کرد. نیروهای ارتش شوروی ضمن مخالفت با این اقدام، مانع حرکت این نیروها به سمت آذربایجان شدند و آنها را در شریف‌آباد قزوین متوقف ساختند. در جریان یک سلسله مذاکرات در تهران و تبریز، دولت برخی امتیازات به فرقه دمکرات اعطا کرد. پس از روی کار آمدن دولت قوام و مذاکرات وی با استالین در مسکو و به دنبال آن مذاکره میان نماینده شوروی در تهران با قوام، سرانجام شوروی در برابر کسب امتیاز نفت در شمال ایران از ایران عقب‌نشینی کرد. در جریان یک سلسله عملیات نظامی در آذرماه 1325 آذربایجان به کنترل دولت مرکزی درآمد. در تبریز مقاومتی در برابر نیروهای دولتی صورت نگرفت و اغلب رهبران فرقه دمکرات، از جمله پیشه‌وری، به شوروی گریختند.
گرچه برخی اصلاحات اولیه فرقه دمکرات موجب حمایت مردمی شد، اما مشکلات اقتصادی بعدی و این واقعیت که جمهوری دمکرات آذربایجان اصولاً تحت حمایت سیاسی ـ نظامی خارجی شکل گرفت، باعث مخالفت آذربایجانی‌ها با این فرقه شد. فرمانده آموزشگاه نیروی هوایی فرقه دمکرات آذربایجان و یکی از اعضای حزب توده ایران که خود شاهد تمامی تحولات فرقه در آذربایجان بود و پس از شکسن فرقه به شوروی رفت و پس از چندی به مخالفت با سیاست‌های فرقه و حزب توده علیه آنها به افشاگری دست زد، در رابطه با تأثیر منفی وابستگی فرقه به شوروی و نقشه جداسازی نهایی آذربایجان ایران چنین نوشته است:
«آذربایجانی‌ها در رشد فرهنگ، صنعت، و تمام دستاوردهای ایران نقش ارزنده‌ای دارند. بنابراین منافع ملی و احساسات ملی آنها با ایران پیوند ناگسستنی دارد. بدین سبب در ماه‌های آخر ، شهروندان آذربایجان، خصوصاً تبریز، فرقه دمکرات آذربایجان را مظهر منافع ملی خود نمی‌دانستند. آنها در اوایل نهضت از شعارهای مترقی فرقه دمکرات آذربایجان پشتیبانی می‌کردند … ولی در اواخر به واسطه برخوردهای نادرست مسئولین و احساس خطر تجزیه آذربایجان از فرقه دوری جستند و حتی در شکست ننگ‌آور فرقه دمکرات نقش معینی داشتند».
در اعتبار نامه پیشه وری در مجلس شورای ملی نقطه عطف زندگی سیاسی او بود.چون به این ترتیب بهترین فرصت برای رسیدن به اهداف سیاسی بلندپروازانه خود را در 
سطح ملی از دست داد. واقعیت این است که علیرغم اقامت طولانی پیشه وری در میان پان ترکیست های دوآتشه شوروی،مدرک چندانی در دست نیست که نشان دهد پیشه وری درصدد طرح هویت قومی آذری در ایران بوده است.برعکس مدارک موجود نشان می دهد اهداف او معطوف به تحق اهداف جهانی مبارزه کمونیسم بوده است تا مسئله قومیت. برخی از پژوهشگران بر این نکته تاکید کرده اند که پیشه وری در زمان اقامت خود در باکو در مقام یک روزنامه نگار کمونیست، مقالات بسیاری نوشت که در آنها از ایران به عنوان ملتی با تاریخ و هویت ممتاز یاد کرده است.این موضع پیشه وری در واقع یک موضع تدافعی در برابر سیاست های ضدایرانی روس ها و برخی قفقازی ها بود. او در مقاله تفکر انقلابی در ایران ضروری است رسوم و سنن ایرانی را چنین ستایش می کند:
«ایران واقعیتی انکار ناپذیر است که ایرانی ها ملتی تاریخ اند که علیرغم تحمل بسیاری فراز و نشیب های گذشته و روی آوردن به مذهب و عقاید گوناگون توانسته اند فرهنگ و سنن شش هزار ساله خود را حفظ کنند».
پیشه وری در سال های اول فعالیت های سیاسی خود بر هویت ایرانی آذربایجان تکیه داشت.یکی از نخستین مقاالت او در روزنامه آذربایجان جزولاینفک ایران در همین ارتباط بود. وی مقالات متعددی پیرامون مسائل سیاسی،اقتصادی و اجتماعی ایران نوشت اما در این مقالات هیچ گونه نشانه ای مبنی بر تمایلات قومی او به چشم نمی خورد.
زندانی شدن پیشه وری در دوره رضاشاه و سپس رد اعتبارنامه اش در مجلس چهاردهم تاثیرات عمیقی در موضع سیاسی وی به جا گذاشت.پیشه وری که نتوانسته بود در بدنه اصلی سیاست های کشور مشارکت کند و در آنها موثر باشد،از سال 1324به بعد توجه خود را به آذربایجان بعنوان پایگاه مهم کسب حمایت و تامین منابع مادی معطوف کرد.پیشنهادهای شوروی که در پی تامین اهداف استراتژیک خود در ایران بود، برای پیشه وری جذاب و قابل قبول بود. او با پذیرش این پیشنهادها اداره روزنامه آژیر را به دوستانش سپرد و عازم آذربایجان شد. پیشه وری به منظور بسیج مردم آذربایجان برای شرکت در حرکت سیاسی توده ای به عنصر خاصی نیاز داشت که بتواند آن ها را از هم میهنانش متمایز کند. مسئله زبان در آذربایجان مهم ترین عاملی بود که می توانست این هدف را برآورده کند.هدف عمده پیشه وری از طرح مسئله زبان کشاندن توده مردم به صحنه بود و این در حالی است که او در دوران پیش از فرقه دموکرات به هیچ وجه مایل به طرح و تبلیغ استفاده از زبان ترکی نبود. به این ترتیب پیشه وری شهریور 1324 همان پیشه وری جندسال قبل نبود. مسئله دستیابی به قدرت ایجاب می کرد که اندیشه های قومی تبلیغ و عناصری مانند زبان سیاسی شود.
