فتحعلی آخوندزاده، نخستین کسی بود که تلاش کرد با تفسیر مغرضانه از مواد تاریخی ایران، ملیت را در برابر دیانت قرار دهد وچرخه ای معیوب از دو گانه ای کاذب برسازد. هر چند همزمان کتاب آقاخان کرمانی (بابی) در آئینه سکندری تلاش مشابهی را صورتداده بود اما به نظر، افکار آخوندزاده تفلیسی دامنه زیادی از تاثیرگذاری داشت.
ولی برای فهم تفکر آخوندزاده باید ابتدا به متن اصلی آثار وی برگشت و دید «مسئله» اصلی آخوندزاده چه بود؟آخوندزاده به مناسبت هایی در مورد علل «عقب ماندگی» ایران می نویسد و دلایلی برای این مسئله بازگو میکند تا در نهایت آنرا بهاسلام،دیانت و روحانیت تقلیل دهد و زمینه را برای پیکار ایدئولوژیک خود مهیا سازد.
مذهب ستیزی وی نیز متاثر از مذهب مختار زمانه در قفقاز بود. روشنفکران قفقاز به ویژه تفلیس در آن زمانه مقاومت زیادی از خوددر برابر سنت که مذهب یکی از تجلیات آن بود نشان می دادند. از نظر آنها «سنت» مانع پیشرفت جوامع شرقی شده بود.
بنابراین مساله اصلی آخوندزاده تجدد یا مدرنیته است نه ملیت یا عظمت ملی!به نظر نمی رسد که آخوندزاده کم ترین دغدغه ای برایایران در سر داشته باشد. زیرا هنگامی که در تفلیس می زیست هیچ تجربه مستقیمی در نسبت با ایران نداشت، او هرگز به ایران نیامد وحتی کارگزار دولت روسیه تزاری بود که بزرگ ترین دشمنی را در آن تاریخ با ایران داشت. در آن روزگار در مخلیه هیچ روشنفکروطنخواهی نمی گنجید که ننگ کارگزاری روسیه تزاری را –که موجب تحمیل دو معاهده ننگین گلستان و ترکمانچای به ایران شده بود– بهجان بخرد.
آخوندزاده به همین مسئله نیز بسنده نکرد و در آواخر عمر به نوشتن نمایشنامه هایی روی آورد که ممکن بود در نهایت اگر تداوم یابد،سرنوشت وی را به علی آقایف نزدیک تر کند.
به هر روی آخوندزاده با دریافت ناقص خود از پدیده های سنتی جامعه، زمینه دوگانه سازی بدعت آمیزی میان دیانت و ملیت فراهمآورد که تا پیش از آن بی سابقه بود.
انحراف دیگر آخوندزاده، تاریخ نویسی ناسیونالیستی بود. در حالی که تاریخ باید به درستی روایت شود و تفسیر ناسیونالستی آن باماهیت امر ملی در تاریخ ایران سازگار نیست.
تفسیرهای ایدئولوژیک از تاریخ ، مواد امر ملی را به ابزاری جهت پیکارهای سیاسی تبدیل میکند و در نهایت در کشاکش های روزمره همهاعتبار فراجناحی و ملی آن. ت را به مصرف مخارج سیاسی می رساند و در نهایت بی اعتبار می سازد. لذا تاریخ و امر‌ملی ذخیره ایاستراتژیک برای کشور است و نباید به آسانی دستمایه پیکارهای ایدئولوژیک شود.
به قول طباطبایی «مواد امر ملی ایران به طور آشکاری ملی است اما به هیچ وجه ملی گرایانه نیست و تفسیر ملی گرایانه از آن نهتنها در تناقض آشکار با واقعیت آن مواد، بلکه نوعی غرض ورزی برای هدف های گفته و ناگفته نیز هست.
